Согласно позиции Минфина России (письмо от 03.04.2017 № 03-15-06/19483) на выплаты, производимые организацией за счет средств гранта, полученного от грантодателя, начисляются страховые взносы.
Российский фонд фундаментальных исследований, как грантодатель, направляет средства гранта для выполнения работ по проекту на счет организации, которая производит расчеты с грантополучателем (работником этой организации). А если организация производит выплаты физическим лицам, которые состоят с ней в трудовых отношениях, то суммы таких выплат (за исключением сумм, поименованных в статье 422 НК РФ) независимо от источника их финансирования, в том числе за счет средств гранта, подлежат обложению страховыми взносами.
В случае если выплаты за счет средств гранта производятся организацией или непосредственно грантодателем в пользу грантополучателя — физического лица, которое не состоит в трудовых отношениях соответственно с организацией или грантодателем, то объектом обложения страховыми взносами такие суммы не признаются.
Надо заметить, что такая позиция Минфина выглядит несколько спорной. Получается, что если грантодатель выплачивает средства грантополучателю (физлицу) напрямую, то такие выплаты страховыми взносами не облагаются, но если те же деньги по тем же основаниям выплачиваются тому же физлицу через его работодателя, то возникает объект обложения страховыми взносами.