ФНС дала разъяснения в своем письме.
Если в середине квартала обособленное подразделение уже не может начислять выплаты работникам, то сведения по ним должна включить в свой расчет по взносам головная организация. Данные приводите нарастающим итогом с начала года. Сдать расчет следует по месту нахождения головного офиса.
Более подробную информацию по этому вопросу вы можете получить в КонсультантПлюс, раздел «Финансовые и кадровые консультации», Вопрос: Об уплате страховых взносов, заполнении и представлении расчетов в случае лишения обособленного подразделения полномочий по начислению выплат и вознаграждений в пользу физлиц. (Письмо ФНС России от 29.03.2018 № ГД-4-11/6000)