В письме от 19.08.2013 № 03-03-05/33760 Минфин РФ указывает, что в соответствии с пп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ начиная с 1 января 2012 г. работы (услуги), выполняемые казенными учреждениями, в том числе на платной основе, объектом налогообложения НДС не являются. Что касается реализации товаров, то такие операции в вышеуказанный перечень не включены. Поэтому осуществляемые указанными учреждениями операции по реализации товаров подлежат налогообложению НДС в общеустановленном порядке.
При определении налоговой базы по налогу на прибыль пп. 33.1 п. 1 ст. 251 НК РФ установлено, что не учитываются доходы в виде средств, полученных от выполнения казенными учреждениями государственных работ (услуг), а также от исполнения ими иных государственных функций. Однако не все услуги, предусмотренные учредительным документом, могут быть отнесены к государственным (муниципальным) услугам.
В связи с этим положения пп. 33.1 п. 1 ст. 251 НК РФ применяются к тем работам (услугам) и иным государственным (муниципальным) функциям, выполнение которых связано с предусмотренными законодательством РФ полномочиями органов государственной власти или органов местного самоуправления.
В письме Минфина РФ от 28.08.2013 № 03-03-06/4/35325 отмечено, если казенное учреждение является заказчиком государственного контракта, то неустойка поставщиком выплачивается не казенному учреждению, а Российской Федерации как публично-правовому образованию. В соответствии со ст. 246 НК РФ Российская Федерация и иные публично-правовые образования не являются плательщиками налога на прибыль организаций.
Если же казенное учреждение является заказчиком по гражданско-правовому договору, отличному от государственного контракта, то в этом случае неустойка, получаемая казенным учреждением, должна учитываться в составе внереализационных доходов при определении налоговой базы на основании ст. 250 НК РФ.
