При осуществлении расчетов в сети Интернет электронными средствами платежа организация обязана применять ККТ с момента подтверждения исполнения распоряжения о переводе электронных средств платежа кредитной организацией.
Минфин России в письме от 01.03.2017 № 03-01-15/11618 отмечает, что для применения при оплате товаров или услуг в сети Интернет с использованием электронных средств платежа, исключающих возможность непосредственного взаимодействия покупателя с продавцом, необходима специальная онлайн-касса.
По вопросам технической реализации указанных расчетов целесообразно обращаться в ФНС России.