Минфин России в письме от 27.06.2017 № 03-03-06/3/40354 напоминает, что положениями пункта 1 статьи 272 НК РФ установлено, что расходы налогоплательщика, которые не могут быть непосредственно отнесены на затраты по конкретному виду деятельности, распределяются пропорционально доле соответствующего дохода в суммарном объеме всех доходов налогоплательщика.
При этом по общему правилу, распространяемому и на бюджетные учреждения, в целях налогообложения прибыли, при использовании метода начисления, доходы и расходы признаются в том отчетном (налоговом) периоде, в котором они имели место (к которому они относятся), независимо от фактического поступления (от времени фактической выплаты) денежных средств, в соответствии с положениями статей 271, 272 НК РФ.
Следовательно, пропорциональное распределение расходов, установленное пунктом 1 статьи 272 НК РФ, должно производиться бюджетным учреждением по итогам каждого квартала, а не нарастающим итогом. То есть доходы и расходы, полученные (произведенные) бюджетным учреждением, например, в первом квартале, не могут учитываться при распределении за второй квартал.