Как указывает ФНС, в соответствии с п. 9 ст. 226 НК РФ уплата налога за счет средств налоговых агентов не допускается. За неисполнение или ненадлежащее исполнение возложенных на него обязанностей налоговый агент несет ответственность в соответствии с законодательством РФ.
Но в указанном случае отсутствует факт неперечисления в бюджет суммы налога, в связи с чем не возникает задолженности перед бюджетом. Таким образом, в действиях налоговых агентов отсутствует состав правонарушения, установленного статьей 123 НК РФ, поскольку данной статьей предусмотрена ответственность налоговых агентов за неправомерное неудержание или неперечисление в установленный срок сумм налога.
Вместе с тем в настоящее время складывается неоднозначная судебная практика по рассматриваемому вопросу на уровне судов федеральных округов: в пользу налоговых органов — постановления Федерального Арбитражного суда Уральского округа от 03.12.2013 № Ф09-13260/13, Федерального Арбитражного суда Московского округа от 29.06.2012 № А41-29929/11; в пользу налогоплательщиков — постановления Федерального Арбитражного суда Северо-Западного округа от 10.12.2013 № А56-16143/2013, от 04.02.2014 № А26-3109/2013.
По мнению ФНС России, в рассматриваемой ситуации следует учитывать позицию Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, выраженную в Постановлении от 23 июля 2013 г. № 784/13.
Учитывая, что сумма налога, удержанная предприятием с доходов, выплаченных сотрудникам, поступила в бюджетную систему Российской Федерации, исходя из смысла статьи 45 НК РФ налог считается уплаченным, то есть у предприятия отсутствует задолженность по НДФЛ. Решения инспекции в части начисления сумм пеней за несвоевременную уплату НДФЛ неправомерны.
Но в письме от 29.09.2014 № БС-4-11/19714@ ФНС предлагает и несколько иной вариант — налоговому агенту следует обратиться в налоговый орган с заявлением о возврате на расчетный счет организации суммы, ошибочно перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации, и произвести уплату НДФЛ в установленном порядке в полном объеме независимо от возврата ранее уплаченных денежных средств.