Согласно позиции Минфина в соответствии с НК РФ не подлежат обложению НДФЛ все виды установленных действующим законодательством РФ компенсационных выплат (в пределах норм, установленных законодательством), связанных, с исполнением налогоплательщиком трудовых обязанностей, включая возмещение командировочных расходов.
При оплате работодателем налогоплательщику расходов на командировки как внутри страны, так и за ее пределы в доход, подлежащий налогообложению, не включаются расходы на проезд до места назначения и обратно, расходы на проезд в аэропорт или на вокзал в местах отправления, назначения или пересадок, на провоз багажа.
Учитывая, что в ст. 217 НК РФ не содержится ограничений в отношении видов средств транспорта, используемых работником для проезда, в том числе в транзитном городе по пути следования в служебную командировку, являясь возмещением командировочных расходов работника, не подлежат обложению НДФЛ.