"Обязательно ли выставлять счет-фактуру на аванс заказчику, когда он заплатил за нас поставщику материалов? Есть договор - оплата за третьих лиц".
Да, в тех случаях, когда заказчик по вашему указанию вносит аванс в счет предстоящей поставки товаров путем перечисления денег на счет третьего лица, у вас возникает обязанность по начислению НДС с аванса (пп. 2 п. 1 ст. 167 НК РФ, п. 2 Письма ФНС России от 28.02.2006 N ММ-6-03/202@).
В СПС КонсультантПлюс есть Готовое решение на эту тему: "Учет оплаты в адрес третьего лица".
Услуга оказывается в соответствии с Регламентом Линии консультаций КАДИС.