"Нашей организации оказывает услуги IT иностранная компания, она стоит на учете в РФ. Теперь есть еще один договор лицензионный (по торговой марке) с ней же, который не относится к IT услугам. Можем ли мы по этому договору платить НДС в бюджет и
сами выполнять обязанности налогового агента по НДС?"
Исходя из разъяснений Минфина РФ и ФНС РФ у вас есть возможность выбирать кому платить НДС в бюджет: иностранной организации или вашей. Причем это касается и услуг, оказываемых в электронной форме и прочих услуг.
В Письме ФНС России от 24.04.2019 N СД-4-3/7937 "О порядке применения НДС при оказании иностранными организациями услуг в электронной форме с 1 января 2019 года" налоговое ведомство фактически разрешило применять прежний порядок уплаты НДС налоговыми агентами, даже в том случае, если иностранный поставщик электронных услуг состоит на налоговом учете. Покупатели электронных услуг могут сами исчислить НДС, перечислить его в бюджет, а затем принять к вычету (отнести на расходы). Негативных последствий не будет ни у покупателей, ни у продавцов электронных услуг. ФНС запретила контролерам требовать от покупателей производить корректировку принятого к вычету или включенного в расходы НДС, а от продавцов - повторно платить НДС и включать такие операции в декларацию по НДС.
То же самое касается и случаев, когда иностранная организация кроме электронных услуг оказывает другие услуги, выполняет работы или реализует товары, местом реализации которых признается Россия.
Минфин РФ, в свою очередь, поддержал указанную позицию ФНС РФ (Письма Минфина России от 17.07.2019 N 03-07-08/53049, от 13.06.2019 N 03-07-08/43050
Услуга оказывается в соответствии с Регламентом Линии консультаций КАДИС.