Восстановление НДС при получении нового регистр удостоверения

Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 Налогового кодекса РФ суммы НДС, принятые к вычету по товарам (работам, услугам), имущественным правам в порядке, предусмотренном гл. 21 НК РФ, подлежат восстановлению в случае дальнейшего использования таких товаров (работ, услуг), имущественных прав для осуществления операций по производству и (или) реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения).

К сожалению,  официальные разъяснения Минфина России и ФНС России по данному вопросу отсутствуют. В неофициальных разъяснениях сотрудники налоговых органов высказывают следующую точку зрения.  Думинская Ольга Сергеевна, советник государственной гражданской службы РФ 2 класса, рассматривая аналогичную ситуацию за 2017г.,  разъяснила, что подавать уточненную декларацию по НДС за II квартал 2017 г. подавать не требуется. При этом,  при реализации в III квартале 2017 г. медицинских изделий, освобождаемых от НДС на основании подп. 1 п. 2 ст. 149 НК РФ, суммы НДС, принятые к вычету во II квартале 2017 г., подлежат восстановлению в III квартале 2017 г. Статья: Освобождение от НДС при продаже медицинских изделий (Елина Л.А.) ("Главная книга", 2017, N 21) {КонсультантПлюс}

Таким образом, в связи с тем, что организация приобретала товары в периоде, когда действовало старое регистрационное удостоверение, она правомерно приняла "входной" НДС по ним к вычету. Начиная с 01.10.2019г. при реализации товара, при приобретении которых "входной" НДС был правомерно принят к вычету, организация обязана восстановить "входной" НДС и учесть его в прочих расходах в соответствии со ст. 264 НК РФ.

Следовательно, организация правомерно приняла НДС к вычету  по счету-фактуре от 30.09.2019г., однако, в дальнейшем при реализации товара она обязана восстановить НДС, принятый к вычету.