Стоит ли компенсировать им работу в выходной день?

Если в трудовом договоре не установлен режим рабочего времени и времени отдыха, не получится определить, каким был тот или иной день для дистанционного работника: выходным или рабочим. Поэтому и компенсировать работу в выходной день не нужно.
Отметим, если в трудовом договоре режим определен, то привлекать дистанционного работника к работе в выходной нужно по общим правилам.
Более подробную информацию по этому вопросу вы можете получить в КонсультантПлюс, раздел «Законодательство», «КонсультантПлюс: Новости для специалиста по кадрам с 28 мая по 9 июня 2018 года»