Надо ли проводить СОУТ на вакантном рабочем месте?

Провести ее нельзя. Без сотрудника штатные производственные (технологические) процессы на рабочем месте не происходят.
Отметим, Минтруд указывал на исключение из этого правила. Можно провести спецоценку на свободных рабочих местах, которые, в частности, признаны аналогичными.