Не все так однозначно.
Контракт заключается и оплачивается по цене, предложенной победителем. Значит, заказчик не вправе корректировать ее, если победитель применяет УСН.
Вместе с тем госорган напомнил о праве сторон заключить соглашение о снижении цены контракта без изменения иных его условий.
Ранее Минфин и другие органы уже высказывали сходную позицию.
Более подробную информацию вы можете получить в КонсультантПлюс, раздел «Консультации для бюджетных организаций», Вопрос: ...Об уменьшении заказчиком цены госконтракта на осуществление работ по устройству внутренних инженерных систем в отношении объекта культурного наследия на сумму НДС. (Письмо Минфина России от 02.11.2017 № 03-07-11/72354)